Die Norddeutsche Wissenschaftsminister:innenkonferenz (NWMK) vergibt den Norddeutschen Wissenschaftspreis seit 2012, seit 2016 im zweijährlichen Turnus. Die Preisverleihungen werden jeweils von dem NWMK-vorsitzführenden Land koordiniert. Die jeweiligen Ausschreibungen wechseln fachlich zwischen den Lebenswissenschaften, Natur- und Ingenieurswissenschaften und Geistes- und Sozialwissenschaften.
Nach Abschluss der ersten fünfjährigen Vergaberunde wurden wesentliche Änderungen vorgenommen, die 2018 erstmals wirksam wurden. Das Preisgeld wurde von 100.000 € auf 250.000 € erhöht und kann auf bis zu drei Projekte verteilt werden. Bewerben können sich Wissenschaftler:innen mit bereits bestehenden und bewährten Kooperationsprojekten, aber auch mit neuen Projektideen für den Preis.
Das wettbewerbliche Auswahlverfahren ist zweistufig und wird im Auftrag der norddeutschen Länder durch die Geschäftsstelle der Wissenschaftlichen Kommission Niedersachsen koordiniert. Die eingereichten Beiträge werden von einer fachlichen Auswahlkommission begutachtet. Anschließend unterbreitet die Auswahlkommission der Norddeutschen Wissenschaftsministerkonferenz eine Liste mit maximal fünf Projekten zur Entscheidung über die Auswahl der Preisträger:innen und der Empfehlung einer Reihung.